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参谋部；若不是听到燧发枪发明的消息，他虽然也会进行变革，但不会规模这样大。而且他想着与其一次一次的改革，不如一步到位，直接设立四总部体制。
当然，对于此时的大明来说，军委的四总部体制比较超前，所以允熥又进行一定变化，各部的职责与军委的四总部各部职责并不完全一样，而且还单独设立了度支部，管理全国军队的财政。
另外，允熥还设立江南都指挥使司和应天行都指挥使司，将除上直卫、孝陵卫之外的军队全部由五军都督府直辖改为这两个衙门管辖。
允熥之所以这样，一是因为原来在外地各卫所上虽然有都司和行都司，但五军都督府仍然直接管辖这些卫所的一部分事物；而在他的设想中，新设立的大都督府各部不再直接管辖卫所，只管着各地的都司和行都司。这样一来，原本没有都司或行都司管着的直隶卫所就很尴尬了。所以要设立这两个衙门管理他们。
二来，满清时候设立了九门提督等职位分别管理京城附近的军队，不是由中央的衙门直管，也没闹出什么谋反的事情，反而使得军队管理更加有秩序，所以他愿意将大多数卫所都交给新设立的衙门管辖。不过他还是留了一手，将上直卫仍然直接抓在手里。
‘四总部制度应该是这个时候全世界最先进的军事制度了。只不过，虽然朕已经进行了一定变化，但也未必一定能够适应这个年代落后的通讯手段和运输方式，之后还要进行调整，但大方向不会变化。’允熥想着。
他思量完毕，抬起头看向面前的众位官员，马上感觉有些诧异。‘朕适才进行了这么大规模的变革，怎么没人议论？’
他哪里知道，正因为他的变革实在太大，在场的文武官员这个时候根本没有反应过来允熥进行了怎样的变革。这与之前撤五军都督府、设立大都督府可完全不同，这是对大明现行中央军事管理体系的颠覆性变革，在场的所有人根本没弄明白允熥新设立的这些衙门到底有什么作用，对于这次变革后的影响也完全没有办法预估，如何还能讨论的起来？
就连徐晖祖等人都没有第一时间跪下说臣遵旨。允熥之前虽然透露过一部分变革内容，但因为他自己都没有完全确定，所以没没法告诉他们，他们只听允熥说是‘巨大的变革’，可细节并不清楚，此时脑袋也嗡嗡作响，一团乱麻。
不过徐晖祖毕竟是久经宦场的人了，虽然从军事角度讲判断不清这样的变化是好是坏，但从利益角度很快判断出来：并未损伤徐家的利益！他虽然不会担任都督同知多长时间，但能够看出允熥很重视徐家，并未触犯徐家的利益。
他又回想了一下人名单，发现也没有影响常家、蓝家、李家等家族的利益，心下一定，就要跪下说“臣遵旨”，打破大殿内的寂静。
可就在他刚刚弯腰、还未跪下说话的时候，大殿内的寂静已经被别人打破。“陛下。臣以为，大明现在所行之武官之制，虽然有些小问题，但毕竟无大碍，对存在之问题进行改变即可，无须进行如此巨大之变革。陛下，陛下此次设立的个衙门之前从未设立过，到底会如何尚不知晓，贸然完全废除原来的制度，设立新制度，未必对朝廷有利。”一个身穿五品文官服饰的人忽然站出来说道。
“陛下，臣也以为，贸然废除原武官之制实行新制，恐怕会引起朝堂动荡；而且现行武官之制乃是先帝所创，贸然如此大的改动恐有不妥，还请陛下三思。”又有一个身穿七品御史服饰的人站了出来。
“陛下，臣是武将，不懂太多，可陛下新设立的这几个衙门与地方上的都司、行都司协调职权、如何管辖卫所恐怕不太容易。”一个身穿二品武将服饰的人也站出来说了几句。
之后又有八九个个人站出来，从各个方面提出自己的意见。他们的话虽然都尽量婉转，但意思就是反对允熥的改革，至少反对进行这么大的改革。
允熥将这十来个进谏的官员都扫视一遍，嘴角忽然露出了微笑。他咳嗽两声清了清嗓子，朗声说道：“诸位爱卿所言也有道理，所以这几道圣旨先放在一旁，朕先处置另外几件事情。”